Если вы зайдете в меню вашей программы и найдете TortoiseSVN> Настройка
Есть вкладка "Сохраненные данные". Оттуда вы можете удалить все элементы в списке, которые могут быть больше, чем вы хотели избавиться. Я не уверен, где это хранится и есть ли возможность удалить отдельные элементы.