Если у вас есть разные проекты для каждого приложения, то (по умолчанию (приложения уже встраиваются в разные папки. Можно, хотя и редко), настроить несколько проектов для использования одной папки bin.
Flash Builder для всех целей и задач был создан при условии, что для каждого проекта будет только одно приложение. Единственный раз, когда у меня есть несколько приложений в одном проекте, это «скретч-проект» для тестирования разных идей.