К сожалению, в Linq-to-SQL нет операций массового обновления или массового удаления (и с
разработка приостановлена на L2S, вряд ли когда-либо будет)
Лучшее, что вы можете сделать, это
db.myTable.DeleteOnSubmit(db.MyTable.Where(m=>m.myval ==123).Take(5000));
Но я почти уверен, что это сгенерирует SELECT, за которым последуют 5000 операторов DELETE.