Исходный синтаксис <%%> несколько компактнее, но если вам нужны обрабатываемые файлами инструмента, то преимущество - сохранять все в XML.
Как правило, я бы сказал, что если вы все равно работаете в XHTML, то вполне естественно также использовать XML-представление JSP. Таким образом, документ, как части XHTML, так и части JSP, могут быть проверены как XML.