Конфликты - это конфликты, и Git никогда не сможет разрешить их за вас. Только человек может точно сказать, какая из двух взаимоисключающих модификаций является правильной.
Почему вы можете получить конфликты во время ребазинга? Это действительно та же самая операция, что и слияние, просто приводящая к другой истории. Предположим, вы перебазируете коммит X на коммит D здесь:
- A - B - C - D
\
X
Полученное содержимое должно быть таким же, как если бы вы слили D в X. Если в коммите B есть что-то, что конфликтует с изменением, внесенным в коммите X, то будут конфликты слияния. Неважно, сливаешься ты или перебазируешь.