Как уже говорилось, вы можете клонировать только репозитории целиком, а не их части. Если вам нужно, вы могли бы поместить разные проекты в один репозиторий. Это хорошо в Subversion, но не рекомендуется в Git. Если это так, разделите ваш репозиторий на несколько репозиториев (по одному для каждого проекта) и объедините эти репозитории в центральном, используя git submodule.