Немного больше кода было бы полезно, чтобы точно увидеть, что вы делаете ...
Одна вещь, которую нужно проверить, это свойство «HorizontalScrollBarVisibility» (или «VerticalScrollBarVisibility» в зависимости от ориентации) объекта ScrollViewer, по умолчанию оно должно быть «Авто», но в вашем пользовательском элементе управления это может быть переопределено на более высоком уровне в визуальное дерево; попробуйте установить его явно:
<ScrollViewer VerticalScrollBarVisibility="Auto">