Если в электронной таблице всего несколько тысяч записей, проблем с производительностью не должно быть (если, конечно, каждая строка не очень большая).
У вас могут быть проблемы с некоторыми данными Excel, например, валюты, лучше всего попробовать и посмотреть, что получится.
Перечитав свой вопрос, вам придется экспортировать Excel в текстовый файл, который хранится локально. Но не должно быть никаких проблем при загрузке локального файла в удаленную базу данных MySQL. Не уверен, что вы можете сделать это с Squirrel, вам потребуется доступ к командной строке MySQL для запуска команды LOAD.
Лучший способ сделать это - использовать Navicat, если у вас есть бюджет для совершения покупки?