Звучит как классический вопрос XY. Конечно, вопрос Х: «Как я могу проверить, установлен ли .NET сам?» Проверив реестр, хорошо освещены другие вопросы на SO.
Если вы действительно хотите знать, что делает dotnetchk.exe (не задокументировано), тогда достаточно просто выполнить обратный инжиниринг. Используйте утилиту ProcMon от SysInternals, включите трассировку при запуске dotnetchk. Вы увидите все ключи реестра и файлы, которые он просматривает в трассировке.