Можешь? Конечно. Вы можете создавать файлы в файловой системе с PHP, если у вас есть разрешения.
Должны ли вы? Что ж, если вы используете PHP только в режиме «командной строки», я полагаю, это так же хорошо, как другой язык сценариев. Если вы делаете это с сайта, я бы сказал, что это плохая идея по соображениям безопасности. Может быть более подходящей другая технология (если у вас изначально был XML, тогда на ум приходит XSLT, но вы используете mysql, поэтому вам понадобится какой-то другой вид сценария).