ASP.NET MVC включает JQuery, который, похоже, одобрен Microsoft. Однако на самом деле нет особого совпадения (пока) с клиентской средой Javascript и серверной архитектурой MVC, в частности.
Использование JQuery, MooTools или любого другого такого фреймворка при предоставлении Views действительно совершенно не зависит от самого MVC. Возможно, вас больше заинтересует то, как MooTools может интегрироваться с ASP.NET AJAX, который, я думаю, можно считать компонентом MVC.
Вот этот блог на ASP.NET AJAX и MooTools.
Обратите внимание, что MS прилагает немало усилий для добавления поддержки intellisense для JQuery в VS2008. Вполне возможно, что третья сторона может приложить те же усилия для поддержки MooTools в intellisense, но тогда они могут этого не сделать, на что стоит обратить внимание, если вы не слишком привязаны к MooTools.