Я сомневаюсь, что есть правильный выбор. Это вопрос вкуса.
В обоих случаях вы теряете некоторую инкапсуляцию. Разработчик, использующий метод или свойство, должен знать что-то о внутренней реализации, чтобы понять результат. Из-за этого я бы избегал их, когда это возможно, и иначе использовал бы их экономно.
Для меня Properties предлагает тесную ссылку на частного участника с возможными правилами доступа. Если вы просто устанавливаете защищенного частного участника, я бы использовал свойство:
public string Password { set; }
Если ваш сет влияет на несколько участников, я бы пошел с методом. Что-то вроде:
public void SetToRunMode(object[] runvars);
Самое важное - это последовательность.