Помощник по базе данных использует CommandType по умолчанию, который является CommandType.Text. Нет никакого способа изменить это на CommandType.StoredProcedure, поэтому вам нужно использовать следующий синтаксис:
var data = db.Query("exec usp_MyProc @0, @1", "val1", val2");
Предполагается, что целевая аудитория для WebMatrix не знает о хранимых процедурах. Но вы всегда можете использовать обычный ADO.NET и заполнить строго типизированный объект с помощью SqlDataReader. Или Entity Framework ....