.html()
в конечном итоге использует .innerHTML
здесь, то, на что похоже похоже, что ваша разметка возвращается неверно, вызывая некоторые проблемы.
Если с разметкой что-то не так, и вы видите не ошибку, а пустой результат, скорее всего, один браузер допустит этот недопустимый HTML, покажет его как можно лучше, а другой браузер может полностью его отменить.... что, похоже, то, что IE делает с тобой.