Корень проблемы может заключаться в том, что запрос к gif gif прерывается, потому что браузер переходит на другой URL (скачать). Попробуйте отложить загрузку следующим образом:
<a href="PDF" onclick="that=this; _gaq.push(['_trackEvent','click', 'download', 'pdf'); setTimeout(function(){location.href=that.href;},200);return false;">Download pdf</a>
Это даст некоторое время для сценария аналитики запросить utm.gif.