Вы можете File.Copy передать файл из одной папки в другую. Например ...
File.Copy("C:\Data\MyProgram.exe", "C:\Data2\MyProgram.exe"
Таз предположил, что файл не будет копироваться во время его выполнения, и это то, на что следует обратить внимание, но я уже мог копировать запущенные программы.