В прошлом GlassFish использовала некоторые нативные библиотеки.
Похоже, что GlassFish Server 3.1 не использует никаких собственных библиотек, поэтому на самом деле нет необходимости иметь 64-битную версию.
Сервер будет использовать тот JDK, который вы ему скажете. Если вы запустите сервер с 64-разрядным JDK, у вас будет 64-разрядный выпуск.
Статус NB аналогичен. Есть некоторые нативные библиотеки, которые поставляются с NB 6.9, но большинство из них далеки от «основной» функциональности IDE. Поставка 64-разрядной версии NB не принесла бы значительного прироста производительности.
Eclipse может в большей степени зависеть от собственных библиотек (из-за таких вещей, как SWT), чем NB.