В Linux действительно нет стандартного способа.Многие программы, особенно новые программы на Python, которые я видел, используют ~/.config/appname/
.Конечно, старые, такие как bash, vi и т. Д., Просто добавляют скрытый файл в ~/
.Это зависит от того, что это за настройки?
Это, очевидно, пользовательские программы.Системные программы обычно хранят свои конфигурационные файлы где-то в /etc/
Edit:
~/.config/appname/
кажется более стандартным, чем я думал.