Да, нет GROUP BY или подобного, поэтому вы можете использовать обычные самостоятельные объединения:
SELECT
id, title, comment_count
FROM news
JOIN news_tag_association n2t1 ON (news.id = n2t1.news_id)
JOIN news_tag_association n2t2 ON (n2t1.tag_id = n2t2.tag_id)
WHERE franchise_id IN (0, 1)
AND draft = 0
AND id != 459
AND n2t2.news_id = 459
LIMIT 0,5;