Я предполагаю, что вы используете PHP / PEAR ?
Начиная с версии 1.1.0b1 пакет использует HTTP_Request2 .
Создайте HTTP_Request2 и передайте его XML_RPC в качестве аргумента опции для использования куки:
<?php
//Include the PEAR packages
require_once 'XML/RPC2/Client.php';
require_once 'HTTP/Request2.php';
//Create the HTTP_Request2 object and add your cookie details
$http_request = new HTTP_Request2();
$http_request2->addCookie($name = 'myCookie', $value = 'myValue');
//Create the XML_RPC2_Client
$params = array('httpRequest'=>$http_request);
$client = XML_RPC2_Client::create($url = 'http://www.example.com', $params);
//do your stuff
?>