Если вы ссылаетесь на окно в режиме ожидания, например, для версии 2.6, теперь есть способ изменить цвет фона с другого на другой. Но вы можете изменить цвет фона вашего текста, если вы идете в настройках.
Другая вещь, которую вы можете сделать, это использовать другой графический интерфейс для python, который может быть более сложным, например, eclipse pydev, или использовать текстовый редактор, который вам нравится, и настроить его так, как вы хотите писать свои скрипты, а затем запускать их в режиме ожидания.