Если вы имеете в виду, как зашифровать файл XML в коде и сохранить его обратно на диск, вы можете прочитать файл XML как простой текст. В этой форме это не что иное, как длинная строка. Используйте метод, который вы знакомы, чтобы зашифровать его. Затем сохраните его обратно на диск в виде стандартного двоичного файла. Обратный, чтобы расшифровать файл.
Если вы просто хотите зашифровать файл на диске, в Windows вы можете сделать это из свойств файла.