Не будь таким радикальным - если возможно, просто останови службу, замените нужные файлы, а затем (опционально) перезапустите службу.
Если вы удаляете службу из SCM, вы теряете все настройки, выполненные пользователем после установки - настраиваемые учетные данные для входа в систему, параметры, определяющие, что делать в случае сбоя службы и т. Д.