Только для тех, кто натыкается на этот пост.Ответ заключается в использовании «задержки», а не тайм-аута.
Таким образом, код будет
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$('#slide1').cycle({
fx: 'fade',
timeout:4000,
delay:0
});
$('#slide2').cycle({
fx: 'fade',
timeout:4000,
delay:200
});
$('#slide3').cycle({
fx: 'fade',
timeout:4000,
delay:400
});
});
</script>