Скорее всего, вы копируете между Windows и Unix, и разница в размере обусловлена разницей между CRLF и просто LF для концов строк.
Если важно сохранить окончания строк, используйте BIN (двоичный) режим для передачи данных. Альтернативой является режим ASC (ASCII), в котором системы отображают окончания строк.