Это полностью зависит от вашего приложения. Иногда имеет смысл иметь отдельный слой домена со своими собственными объектами домена. Иногда это не так.
Действительно, для большинства приложений, я бы сказал, что сущности EF идеально подходят для того, чтобы быть объектами вашего домена, и нет никакой угрозы ссылаться на контекст непосредственно из вашего слоя "домен". Действительно, EF разработан с учетом этого. Создание совершенно отдельного набора доменных объектов, в которые ваши EF-сущности отображаются каким-либо промежуточным уровнем, должно быть оправдано.
Это не означает, что наличие отдельного доменного уровня никогда не подходит. Иногда, например, когда вы сталкиваетесь с проблемами межпроцессного взаимодействия / приложения, например, когда вы представляете свои сущности с помощью WCF, имеет смысл создавать новые доменные объекты (которые в данном случае могут быть просто вашими классами DataContract ) в которую вводятся данные вашей организации.
Но таких случаев действительно немного, и они далеко друг от друга. Если вы делаете это часто, вы чрезмерно проектируете свое приложение и становитесь жертвой догмы «чистых» парадигм дизайна.