Я уверен, что самый простой способ заставить работать с ZF это:
http://www.site.com/index.php/admin/user/index/param1/12/param2/37
Как в, просто поместите index.php перед вашими параметрами. Таким образом, Apache должен направить запрос в index.php.
Вам может потребоваться установить базовый URL-адрес ZF следующим образом:
//assuming $fc is front controller
$fc->setBaseUrl('/index.php');
Уверен, что маршрутизатор по умолчанию может справиться с этим следующим образом. Если нет, вы можете расширить маршрутизатор, что не должно быть слишком сложно, если вы просто посмотрите на код существующего для подсказок.