Для веб-приложения существует архетип:
mvn archetype:generate -DgroupId=com.company \
-DartifactId=my-webapp \
-Dversion=1.0-SNAPSHOT \
-DarchetypeArtifactId=maven-archetype-webapp
Это создаст следующую структуру:
$ tree my-webapp/
my-webapp/
├── pom.xml
└── src
└── main
├── resources
└── webapp
├── index.jsp
└── WEB-INF
└── web.xml
Где я должен разместить исходники Java (и тесты)?