В OS X это так же просто, как запускать macports,
для iphone ситуация немного сложнее, вам нужно запустить скрипт ./configure самостоятельно и использовать опцию --cross-prefix для создания бинарных файлов для процессора arm, вам также нужно будет измените файл make для создания статических библиотек.
Вам также необходимо самостоятельно управлять всеми зависимостями и повторять один и тот же процесс для каждой необходимой библиотеки.
Наконец, имейте в виду, что ffmpeg лицензируется по лицензии LGPL, поэтому, если вы статически связываете с ним свое приложение для iphone, вам потребуется выпустить исходный код (согласно некоторым интерпретациям LGPL)