Применение цвета фона или непрозрачного фонового изображения к элементу должно решить эту проблему.Это связано с тем, как работают фильтры, они являются компонентами ActiveX и являются старыми, поэтому они имеют определенные ограничения при работе с частичной прозрачностью.
Вы также можете отключить фильтр после завершения анимации, используя что-то вроде:
myElement.filters[0].enabled = false;
Многие библиотеки анимации используют эту технику, чтобы включить фильтр только во время замирания, чтобы пользователь могне заметит уродливого алиасинга.
Есть еще одно исправление (лучше всего просматривать в IE, чтобы понять суть поста), хотя это скорее хак, и это не хорошее решениево всех случаях, особенно там, где необходимо изменить размер изображения.