MonoDevelop для Windows работает в среде .Net, тогда как Mono.Simd.dll, поставляемый с Mono 2.8, установлен в GAC Mono.
Вам потребуется добавить ссылку в вашем проекте в Mono.Simd.dll, поставляемый с Mono 2.8.
Это должно быть примерно в:
C: \ Program Files (x86) \ Mono-2.8 \ lib \ mono \ 2.0 \ Mono.Simd.dll.