Если вы выпускаете исходный дистрибутив из какой-то ветки релиза, то IMHO нет необходимости включать это.
autogen.sh должен быть включен только в разрабатываемые версии.
Поскольку вы используете его для генерации . / Configure и прочего, нетнеобходимо сделать это в пакетах выпуска.
Конечно, если вы ориентируетесь в основном на разработчиков, ваша аудитория может найти файлы autogen.sh полезными.