Для этого вам нужно получить установочный пакет. Затем вы можете создать для него необходимый пакет и развернуть его как предварительное условие для вашего развертывания ClickOnce.
Для создания необходимого пакета вы можете использовать Bootstrapper Manifest Generator, который здесь .
Затем вы копируете этот пакет в папку, в которой находятся необходимые компоненты VS. Если вы используете VS2010, это местоположение здесь:
C: \ Program Files \ Microsoft SDKs \ Windows \ v7.0A \ Bootstrapper \ Packages
Если вы используете VS2008, это здесь:
C: \ Program Files \ Microsoft SDKs \ Windows \ v6.0A \ Bootstrapper \ Packages
Этот пост может помочь объяснить, как использовать BMG. Для успеха обязательно добавьте код ошибки 0, иначе он всегда сообщит вам, что установка не удалась.