Я видел такое же поведение при преобразовании решения VS2003.Net для запуска в более поздних IDE.Я предполагаю, что ваше решение содержит несколько проектов, которые указывают на один и тот же промежуточный каталог.В VS2005 и более поздних версиях проекты, которые не зависят друг от друга, могут быть построены параллельно, поэтому, если используется один и тот же рабочий каталог, вы можете получить конфликты файлов, подобные этой.
Проверьте это следующим образом.В обозревателе решений щелкните правой кнопкой мыши один из неудачных проектов и выберите «Свойства».В разделе «Свойства конфигурации» -> «Общие» убедитесь, что у каждого проекта есть свой «промежуточный каталог».Попробуйте снова собрать, используя «Rebuild Solution», чтобы очистить все.