каждый раз, когда я делаю git, меняю свой набор патчей на новую версию оригинала, нужно ли мне снова и снова разрешать конфликты вручную?
Выезд git-rerere.
git-rerere
В зависимости от вашего хранилища вы можете использовать тайник
git stash pop git stash
http://gitready.com/beginner/2009/01/10/stashing-your-changes.html