Можете ли вы опубликовать вывод консоли в свое сообщение? Это скажет, если сессия успешно завершена. Может случиться так, что xml покрытия не отображается, потому что он идет в каталог, отличный от того, который, по вашему мнению, должен быть. По умолчанию это текущий каталог командной строки.
Также вы можете попробовать использовать последнюю версию NCover, v.3.4.16. Вы можете бесплатно получить 21-дневную пробную версию на www.ncover.com / download .