Всегда выполняйте ветвление, объединяйте элемент решения, убедитесь, что вы полностью обновлены перед объединением (ankhsvn предупредит об этом), а также убедитесь, что у вас нет измененных файлов перед объединением.
Читайтена svnbook, когда следует использовать обычное слияние и когда следует использовать реинтеграцию.
Наконец, если конфликт все-таки возникает, убедитесь, что у вас есть хороший инструмент 3way merge для разрешения конфликта.AnkhSVN распознает многие из них автоматически, но мне очень нравится исходная передача