Забавно, я работаю над точно такой же проблемой: создаю скрипт Greasemonkey для добавления markItUp ко всем текстовым областям страницы.
Теперь у меня нет проблем с самим библиотечным скриптом. Во всяком случае, я не понимаю, почему вы хотите вставить его как Base64. Как указано, оно будет больше.
Вы можете поместить его непосредственно в скрипт GM, если хотите (некоторые люди делают это с помощью jQuery), или динамически добавить <script src="someURL"></script>
в документ и ждать загрузки (в Интернете есть множество примеров) (неудобство: создает трафик на сайты, содержащие файлы), или, как я сейчас пытаюсь, используя последнюю (0.8) функцию GM:
// @require jquery.js
// @require markitup.js
// @resource miuStyle style.css
Требуемые JS-файлы автоматически загружаются в сценарий GM из локальной копии, что быстро и всегда доступно. Не используйте упакованные версии, они здесь не работают. У меня также были проблемы с set.js, поэтому я просто вставил прямо в скрипт.
Это хорошо работает, но у меня пока нет стиля и иконок.
Я думаю, я должен поместить текст miuStyle на веб-странице и изменить его так, чтобы все фоновые изображения ссылались на одно и то же изображение, размещенное в Photobucket или аналогичное, со смещением. Я не нашел способа использовать локальные изображения (в CSS), увы, даже с @ resource.
Мой ответ, увы, не касается вашей проблемы (но замечание Джона кажется верным), но может привести вас к другому, более простому решению.