Для тех, кто ищет ответ, несколько приложений МОГУТ получить доступ к одному SWF. Вы просто должны быть уверены, что используете необязательный аргумент localPath при вызове метода getLocal. например:
var mySharedObject:SharedObject = getLocal("sharedobject", "/");
Мы использовали /, но вы можете использовать любой каталог, который захотите. Просто убедитесь, что все ваши приложения используют один и тот же.