Вам нужно будет повернуть созданную вами рамку. Попробуйте что-то вроде этого:
// lower right:-136, 295, 320, 32 lower left:-136, 135, 320, 32 upper right:136, 295, 320, 32
UIViewController *controller = [[UIViewController alloc] init];
controller.view.frame = CGRectMake(136, 135, 320, 32);
controller.view.transform = CGAffineTransformMakeRotation(M_PI / 2.0); // turn 180 degrees
//From the official iAd programming guide
ADBannerView *adView = [[ADBannerView alloc] initWithFrame:CGRectZero];
adView.requiredContentSizeIdentifiers = [NSSet setWithObject:ADBannerContentSizeIdentifier480x32];
adView.currentContentSizeIdentifier = ADBannerContentSizeIdentifier480x32;
[controller.view addSubview:adView];
//Then I add the adView to the openglview of cocos2d
[[Director sharedDirector] openGLView] addSubview:controller.view];
M_PI определен в math.h в библиотеке cocos2d, это просто pi. Как только вы его включите, просто поиграйте с двумя первыми числами в прямоугольнике, чтобы расположить его там, где вам это нужно.