Попробуйте упростить вашу проблему.
Можете ли вы получить код, который вам нужно проанализировать, вручную?
Если да, попробуйте разобрать его. Я не думаю, что это проблема вашего DocumentBuilder, но ваше сетевое подключение. Поэтому вы должны убедиться, что DocumentBuilder имеет доступ к каждому биту документа XML.
Если при сохранении документа, сохраненного вручную, произойдет сбой, появится другое сообщение об ошибке.
Надеюсь, это поможет.