У меня есть ответ на этот вопрос от команды ClickOnce в Microsoft.
Когда вы используете опцию публикации в меню сборки, она полностью обходит все в Visual Studio и напрямую использует msbuild.Если вы используете кнопку «Публикация» на вкладке «Публикация», любые надстройки, которые установил пользователь, влияют на процесс сборки и публикации (он сказал что-то вроде «он проходит через VIsual Studio до перехода в msbuild»).Поэтому лучше использовать меню «Сборка».