Вам нужно будет подписать манифест, но нет необходимости подписывать сборку.Вам необходимо подписать манифест, чтобы ClickOnce мог однозначно идентифицировать установку (вы можете установить приложение дважды, подписав приложение двумя разными ключами).
Если вы используете только внутреннее приложение, ваш сертификат может простоесли вы создаете сертификат, ему не нужно доверять.
Единственное преимущество подписания любых сборок заключается в том, что ClickOnce может оптимизировать загрузку и хранить строго подписанные сборки вне изолированного хранилища ваших приложений и совместно использовать сборку.через несколько приложений.Например, если у вас есть два приложения, которые используют одну и ту же версию NHibernate , то ClickOnce будет загружать сборки только один раз.