Вы можете быть в состоянии плавно перейти, но я очень сомневаюсь, что это будет так.
Различий много и то, можете ли вы, зависит от того, какие функции вы использовали при разработке.
Если вы придерживаетесь одного из стандартов , вам может повезти.
См. Сравнительный лист в Википедии .
Что касается аспекта Linq вашего вопроса - у вас должна быть возможность использовать провайдера Linq для MySql вместо MSSql без проблем.
Вот ссылка на один из них: http://code2code.net/DB_Linq/
Если вы решите воспользоваться хостингом MySql, я предлагаю вам проверить все аспекты вашего приложения, чтобы убедиться, что они работают должным образом.