При компиляции сделайте это:
javac -encoding ascii -target 1.5 -d bin/classes \
-bootclasspath $SDKDIR/android.jar src/some/project/* -classpath=libs/*.jar
И, когда вы генерируете байт-код для Dalvik:
dx --dex --output=bin/classes.dex bin/classes libs/*.jar
Кроме того, когда вы упаковываете файл APK:
apkbuilder bin/something.apk -z bin/projectname.ap_ \
-f bin/classes.dex -rf src -rj libs
Я предполагаю, что вы используете Linux ... в Windows будет почти то же самое.