Я не уверен на 100%, поможет ли это вам в правильном направлении, но слава, если это так!
Codeigniter направляет приложение в зависимости от состояния среды URI.Что вам нужно сделать, это установить среду и включить файл представления индекса следующим образом:
$_SERVER["REQUEST_URI"] = "cms/2";
//Set GET action,method params etc
require_once "path/to/index.php";
Когда вы загружаете файл индекса CI, он читает переменную SERVER и другие, которые вам, возможно, придется найти и запустить контроллер.и метод, я бы также посоветовал вам изменить файл библиотеки / представления, так как он может выйти при выводе, вызывая выход вашего скрипта.
Также вы можете заглянуть в ob_start (), чтобы перехватить буфер.