Eclipse vs Netbeans не имеет отношения к вашей проблеме.Оба они - просто прославленные текстовые редакторы, которые позволяют вам редактировать java-код с небольшой помощью при компиляции.Вы можете написать любое java-приложение в любом из них, на самом деле это просто личное предпочтение.
Простота портирования в Windows действительно зависит от того, чем является ваше приложение.Если у вас есть большой кусок кода, который не зависит от какого-либо пользовательского интерфейса или жизненного цикла, тогда вы сможете создать отдельную библиотеку Java для этого и ссылаться на нее как в приложении для Android, так и в приложении для Windows.
Задача будет заменой интерфейса.Как упоминал Фредли, качели - это встроенная опция.Это немного сложно, но вы сможете найти много документации по ней.
Если ваше приложение тесно связано с пользовательским интерфейсом, то вам будет очень трудно найти какой-либо код вобщий.