Если вы разместите свои страницы в их собственном каталоге, вы можете удалить пользовательские обработчики и добавить обычные в файл web.config, расположенный в том же каталоге.
См. этот документ на MSDN, в частности раздел о Configuration Inheritance.
Обновление:
Другой вариант - использовать разные расширения файлов для пользовательского и обычного обработчиков и соответственно зарегистрировать обработчики.