со мной случилось нечто подобное. Вот что случилось.
В Maven 2.x версии плагинов устанавливаются самим Maven. В Maven 3.x он будет использовать «последний» и выдаст вам предупреждение. В моем случае использование более поздней версии плагина компилятора привело к некоторым различиям, а более поздняя версия плагина зависимостей - к другим различиям.
Как только я явно установил все версии всех плагинов в своем файле pom.xml (во всяком случае, лучшая практика), несоответствия исчезли.