Вы не должны использовать FAT32, если вам действительно не нужно. Это объясняется несколькими причинами: память, процессор, скорость, отсутствие защиты, отсутствие ведения журнала и даже тот факт, что FAT32 труднее восстанавливать при возникновении аварии. Вы можете конвертировать FAT32 в NTFS используя Convert .
Часть из этого FAT32 не имеет «режимов» для файлов, кроме обычных флагов Archive, ReadOnly и Hidden (и System?). Однако некоторые ОС могут помещать некоторые файлы метаданных в каталоги для имитации «лучших» файловых систем. Windows не сделает этого.
Так что я думаю, что это не проблема FAT32.